Millores en les instal·lacions
El 1988, es van fer obres d'ampliació a Can Genís, per tal d'atendre millor els investigadors i tenir espai suficient per albergar més fons. L'any següent, l'Ajuntament va obtenir el suport del servei d'Arxius de la Generalitat de Catalunya, amb qui va signar un conveni. El 20 d'octubre de 1989, s'inauguraven les noves instal·lacions.
El 1996, amb les obres de la nova seu a Can Rosés ja en dansa, l'Arxiu Municipal va celebrar els seus 10 anys de servei, tot creant el Butlletí de l'Arxiu. Finalment, el 2002, l'Arxiu Municipal de Palafrugell es traslladà a l'edifici de Can Rosés, datat dels segles XVII-XVIII i situat al costat de l'església parroquial, unes noves instal·lacions que faciliten la consulta i la conservació dels documents. A més, el servei compta des del 2008 amb una nau al carrer de la Vall d'Aran, que serveix de dipòsit i d'espai de tractament de la documentació.